2007年10月26日，由中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所、各省市农科院共同发起的全国农业环境科学峰会暨农业环境协作网成立大会在北京召开。科技部、农业部、国家环保总局、国家气象局等部门领导出席了本次大会。这是贯彻十七大精神、以科学发展观为指导、以建设生态文明为宗旨，以强化农业环境领域科研合作为目的的重大举措；也是全面提高农业环境领域科技创新、储备和转化能力，迅速将该领域科技成果转化为现实生产力的重要措施。
    农业环境问题是关系我国国民经济发展和社会稳定，建设资源节约型、环境友好型社会的重大问题，确保环境安全是我国农业可持续发展的永恒主题，也是农业环境科研工作的中心任务。党中央、国务院高度重视农业环境建设与保护，在近年的中央1号文件中，均把农村生态环境建设作为十分重要的内容，胡锦涛总书记在十七大工作报告中也明确提出要“建设生态文明，基本形成节约能源资源和保护生态环境的产业结构、增长方式、消费模式”，要“加强能源资源节约和生态环境保护，增强可持续发展能力”，为农业环境建设与保护指明了努力的方向。
    近年来，我国现代农业的迅速发展，农业生产力水平逐步提高，农民收入逐年增长，农业结构调整不断深入，农业和农村经济发展正面临着前所未有的机遇，为建设社会主义新农村、统筹城乡经济社会发展提供了良好前提。但是，受人口刚性增长、耕地面积连年减少、农业集约化水平不断提高，以及全球气候变暖大背景下农业气象灾害发生频率增加、危害程度加剧等因素的影响，土地退化、环境污染、农产品质量下降等问题，也对我国农业和农村经济发展带来了前所未有的挑战。据统计，目前全国荒漠化土地总面积为263.62万公顷，耕地质量下降趋势明显，突出表现为有机质和磷、钾含量缺乏；全国80%左右的河流和3/4的湖泊不同程度地受到氮磷富营养化的影响。全国畜禽粪便年排放量超过40亿吨，是工业有机污染物的4.1倍，且大多未经处理直接排放，对农业环境带来极大威胁。全国重金属含量超标的土壤面积达2000万公顷，因工业“三废”污染耕地1000万公顷，污水灌溉的农田面积达330多万公顷，导致粮食每年减产100亿公斤。因此，必须加强农业环境研究，逐步形成具有中国特色的农业环境建设与保护技术体系，为农业环境保护和可持续发展提供强有力的科技保障。
    建设“全国农业环境科研协作网”，紧紧抓住当前农业环境领域研究发展的良好契机，充分利用全国农业环境研究的人才、设备、基地，围绕我国农业环境演变与发展中的重点和难点问题，合理配置科研力量和科技资源，集中力量开展研究，解决一批制约农业环境改善、农产品优质高效生产的共性和关键技术，对建设生态文明，促进农业和国民经济持续、稳定发展，意义十分重大。
近年来，在国家各部门的大力支持下，我国农业环境领域科研能力和水平大幅度提升，推动了循环农业、生态农业的迅速发展。在气候变化与农业减灾方面，通过研究，提出了考虑发展中国家利益的基于公平原则的温室气体排放清单指南体系及核算方法，开发基于清洁发展机制（CDM）的农业温室气体减排和增汇方法学；建立了完整的具国际可比性的气候变化影响评估方法；创建了RCM驱动的农作物影响评估模型，实现了对未来30-80年气候变化对农业影响的预测与评估；同时，系统研究了干旱、暴雨、热害、低温等灾害的预防与适应措施。在农业污染防控与修复方面，系统研究了农业面源的形成机理、评估方法及治理模式，探讨了利用超富集植物修复污染土壤的机理与方法，以及污染环境微生物修复的技术与方法、养殖业废弃物的资源化利用等。在农业生物环境调控方面，系统研究了农业环境与生物间的交互作用规律及其调控技术，并在逆境环境对动植物影响预测预报，环境变化对动植物产量、品质、风味形成过程的调控机理与技术，园艺作物生态环境模拟与智能化控制技术，环境与生物信息的无损、快速、远程监测与诊断技术，畜禽清洁生产工艺、环境控制工程等方面取得了一系列进展。上述研究成果，为国家制定农业环境保护政策、强化农业环境建设与保护，同时也为建设“全国农业环境科研协作网”奠定了良好基础。
    “全国农业环境科研协作网”建设按照“突出重点、强化协作、共同提高、加快发展”的原则，以现有的农业环境科研教学单位、科技型企业、科学家为依托，在自愿的基础上，通过争取政府的政策引导和必要的资金扶持，因地制宜、先易后难，逐步形成较完善的民间网络和协作机制。通过协作网建设，围绕农业环境重大科学问题开展战略研究，为国家制定相关政策和中长期规划提供决策参考；根据国家农业环境建设与保护的需求，组织相关单位和人员开展共性关键技术、区域重大技术攻关；围绕区域农产品生产和农村区域经济的发展目标，特别是农业环境建设与保护的需求，共同建设区域农业环境研究中心、重大技术创新平台、区域性农业环境试验站、农业环境监测基地；加强资源共享、信息交流和人才联合培养，壮大和发展研究队伍；协助上级部门和地方政府，联合开展农业环境领域科技成果的示范、转化和推广应用。通过大协作、大联合，促进大发展，整体提升我国农业环境领域研究水平和国际竞争力。
    “全国农业环境科研协作网”的成立，作为贯彻落实党的十七大精神，落实建设资源节约型、环境友好型社会的重要举措，是全面推进社会主义新农村建设的重要选择，是新阶段建设创新型国家、促进农业环境领域形成全国大合作局面的一种积极探索和尝试。通过协作网建设，围绕农业生物与环境要素相互作用机理及调控机制这条主线，从大气-生物耦合界面、农业生态系统、农业生物生产环境三个不同尺度开展系统研究，将进一步明确气候变化与农业相互影响的动力学机制，强化农业环境污染和恢复的生态学基础，提升生物环境控制的理论与方法，同时，解决一批与农业环境密切相关的基础性、前沿性、战略性重大科学问题，突破一批相关的应用基础与共性关键技术，引领我国农业环境学科的发展。